Organisasi Siswa Intra Madrasah (OSIM) di MIS Miftahul Huda berfungsi sebagai wadah utama untuk mengembangkan potensi kepemimpinan, kreativitas, dan rasa tanggung jawab siswa. Struktur organisasinya dirancang secara komprehensif untuk mencakup berbagai aspek pembinaan siswa. Pimpinan organisasi dipegang oleh pengurus harian yang terdiri dari Ketua, Wakil Ketua, Sekretaris, Wakil Sekretaris, Bendahara, dan Wakil Bendahara, yang bertugas mengkoordinasikan seluruh kegiatan dan memastikan kelancaran administrasi.
Di bawah kepengurusan harian, terdapat dua bidang utama yang masing-masing memiliki naungan seksi khusus. Bidang Keilmuan, dipimpin oleh seorang Kepala Bidang Keilmuan, membawahi dua seksi yaitu Seksi IPTEK, yang fokus pada pengembangan wawasan sains dan teknologi melalui berbagai lomba, workshop, dan pemanfaatan media digital. Seksi Pengembangan Minat dan Bakat yang bertugas menggali dan menyalurkan bakat siswa di bidang akademik, seni, olahraga, dan bahasa melalui kegiatan ekstrakurikuler dan festival talenta.
Sementara itu, Kepala Bidang Sosial memiliki cakupan yang luas melalui tiga seksi. Seksi Keagamaan menguatkan karakter islami siswa dengan program seperti pesantren kilat, tadarus, dan peringatan hari besar Islam. Seksi Kedisiplinan berperan dalam menegakkan tata tertib madrasah dan membina budaya tertib, rapi, dan bertanggung jawab. Terakhir, Seksi Komunikasi dan Informasi (Kominfo) bertugas sebagai ujung tombak publikasi dan dokumentasi kegiatan, mengelola media OSIM seperti majalah dinding dan media sosial, serta menjaga komunikasi yang efektif antar anggota dan dengan pihak madrasah.
Setiap seksi di dalam kedua bidang tersebut diperkuat oleh 5-6 orang pengurus inti, memastikan bahwa program kerja dapat dijalankan secara kolaboratif, merata, dan tepat sasaran. Dengan struktur yang solid ini, OSIM MIS Miftahul Huda tidak hanya menjadi organisasi pelaksana kegiatan, tetapi juga menjadi sekolah kehidupan yang mempersiapkan siswa menjadi generasi yang unggul dalam ilmu, terampil, berakhlak mulia, dan mampu bersosialisasi dengan baik.
