UKS (Usaha Kesehatan Sekolah) di MIS Miftahul Huda berfungsi sebagai unit layanan kesehatan dasar yang mendukung visi madrasah dalam mewujudkan generasi yang beriman, bertakwa, berjiwa literasi, dan inovatif, dengan menyediakan lingkungan belajar yang sehat dan aman. UKS ini tidak hanya memberikan pertolongan pertama pada kecelakaan (P3K) dan perawatan kesehatan sederhana bagi siswa, tetapi juga aktif melaksanakan program promotif dan preventif, seperti penyuluhan kesehatan, pemantauan tumbuh kembang siswa, serta penjagaan kebersihan lingkungan madrasah yang sejalan dengan misi menciptakan suasana madrasah yang Islami.
