Gedung madrasah di MIS Miftahul Huda didesain sebagai lingkungan belajar yang nyaman, islami, dan mendukung literasi serta inovasi, mencerminkan visi madrasah. Setiap ruang memiliki sirkulasi udara dan pencahayaan alami yang baik, dilengkapi dengan penataan bangku yang fleksibel untuk pembelajaran kolaboratif. Dinding kelas dihiasi dengan kaligrafi islami, motto pendidikan, jadwal piket, serta hasil karya siswa, menciptakan suasana yang inspiratif dan membangkitkan semangat belajar.
