Mushola MIS Miftahul Huda berfungsi sebagai jantung kegiatan spiritual dan pusat pembentukan karakter islami di madrasah, yang secara nyata mewujudkan visi madrasah dalam mencetak generasi yang beriman dan bertakwa. Sebagai ruang multifungsi, mushola tidak hanya digunakan untuk salat wajib dan sunah bagi siswa, guru, dan staf, tetapi juga menjadi tempat penyelenggaraan pembelajaran ibadah praktis.
