Kamar mandi di MIS Miftahul Huda dirancang untuk memenuhi kebutuhan siswa dengan prinsip kebersihan, keislamian, dan kepraktisan. Fasilitas ini dibagi terpisah antara siswa laki-laki dan perempuan, dilengkapi dengan tempat wudhu yang memadai di area tersendiri untuk mendukung praktik ibadah sehari-hari. Setiap unit kamar mandi dan toilet terjaga kebersihannya, memiliki ventilasi yang baik, serta dilengkapi dengan sabun dan tempat sampah untuk menanamkan budaya hidup bersih dan sehat sesuai dengan visi madrasah dalam menciptakan lingkungan yang Islami.
